$ fdformat /direccion/unidad $ makefs -t tipo /direccion/unidad
Donde "tipo" es el tipo de extensión, y "/direccion/unidad" es la ubicación del medio que vamos a formatear, por lo general es "/media/unidad", donde unidad puede cambiar según sea el caso.
Las soportadas por Windows son:
FAT
FAT32
NTFS
Pero estas particiones o sistemas de archivos no son precisamente las mejores, ya que existen mas eficientes, si vas a utilizar únicamente tu unidad para sistemas GNU/Linux, te recomiendo ext3 o ext4 (disponible recientemente).
También podemos hacerlo de forma gráfica, es decir sin usar la terminal. Vamos a nuestro gestor de paquetes y buscamos la aplicación "QtParted", un programa escrito en C++ para crear y manejar particiones. También podemos bajarlo desde la terminal con:
$ sudo apt-get install qtParted
Luego de abrir el programa, nos aparecerán los discos que estén conectados al PC, desde esa aplicación podemos formatearla, seleccionar el espacio que utilizara, el sistema de archivos que se le dará (partición), entre otras.
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